内毒素（endotoxin），也称为脂多糖或LPS，是革兰氏阴性细菌（例如大肠杆菌）的细胞膜组分。外膜外层的脂质部分完全由内毒素分子组成。单个大肠杆菌细胞含有约2百万个LPS分子，每个分子由疏水脂质A、糖残基和带负电荷的磷酸基团复合物组成。因此，每种内毒素分子具有疏水性，亲水性和带电荷区域，导致其与其它分子相互作用的独特特征。细菌在活跃生长或大量死亡时将少量内毒素分泌到周围环境中。当裂解细菌细胞用于质粒制备时，内毒素分子从外膜释放到裂解物中。
内毒素对生物应用的影响
内毒素强烈影响DNA转染到原代细胞和敏感的培养细胞中，并且增加的内毒素水平导致转染效率急剧降低。此外，使用不含内毒素的质粒DNA用于基因治疗是极其重要的，因为内毒素可引起动物和人发烧、内毒素性休克综合征和补体级联的活化。内毒素还通过激活非特异性免疫应答，干扰体外转染到巨噬细胞、B细胞等免疫细胞中。这些反应包括免疫介质如IL-1和前列腺素的诱导合成。确保塑料制品、培养基、血清和质粒DNA没有LPS污染，避免误导实验结果。
内毒素测定方法
在内毒素检测方面，鲎试剂是中国药典通则规定使用的试剂之一，也是其中被应用得最为广泛的一种。但2021年2月5日起，我国分布的鲎科动物(中国鲎、圆尾蝎鲎)升级为国家二级保护动物，这就使鲎试剂的产量大受影响。不过早在2020年6月的2020版中国药典《9251细菌内毒素检查法应用指导原则》提出，可使用重组C因子法进行内毒素检查。
内毒素去除
内毒素的去除都会使用商业化的试剂盒。一般利用多粘菌素B（polymixin B）连接到琼脂糖微球上，进行特异性去除内毒素。多粘菌素B可通过静电作用、离子作用、亲水作用和分子之间的相互作用等多种因素吸附内毒素，从而达到内毒素去除的目的，
在内毒素去除过程中，我们要切记使用不含内毒素的塑料制品和玻璃器皿。为了避免在初始内毒素去除后对质粒DNA的再污染，建议仅使用经认证无热原或无内毒素的新塑料制品。无内毒素或无热原的塑料制品可以从许多不同的供应商处获得。内毒素强烈粘附于玻璃器皿，并且在洗涤期间难以完全除去。标准实验室高压灭菌方法对内毒素水平几乎没有或没有影响。此外，如果高压锅先前已用于细菌，则玻璃器皿将被内毒素分子广泛污染。180°C过夜加热玻璃器皿可破坏任何附加的内毒素分子。重要的是不要通过使用含内毒素的试剂纯化无内毒素DNA，所有缓冲液都需要无内毒素。 |
